现代的中国各地的人类基因作对比，再与体质人类学的研究结果相结合，以探索华夏族的起源乃至中华民族的形成过程。
中国古代文明与世界上其他古代文明的比较。研究中国古代文明的特点与其形成机制，进而探索各地区人类文明演进的历史过程、特点、模式及其形成原因，从而达到探求人类文明发展规律的目的。
其他具体课题还包括：农业、畜牧业起源、发展与文明起源的关系；手工业技术的发展与文明的演进；城市的起源、发展与文明的演进；战争与文明起源、王权形成的关系；宗教信仰的起源、发展及其与文明起源的关系；各地的文化交流与文明起源与发展的关系；中原三代王朝及其文化与周边方国及其文化的关系等。
专家指出，这一庞大学术工程的其他相关研究课题还包括：炎黄至尧舜禹时期古史传说整理、研究，龙山时代至夏商周时期的社会结构与家族组织的发展变化研究，诸子百家特别是儒家思想的形成、发展过程及其历史作用的研究等等近2o个大的研究课题。如此庞大的研究课题，需要全国乃至世界各国学者的积极参与，齐心协力，他们表示期待加强与国内外的联系与合作，共同推动这一课题的研究。
尽管现在还无法确切知道完成这一庞大的研究项目需要多长时间，也许5年，也许1o年或更长，但目前我们能知道的是国家最高社会科学研究机构中国社科院已经成立了专门的机构，先期聘请了24o多位国内外一流的专家学者。从而我们有理由充满信心地期待这一工程的顺利启动和圆满结束，期待令人激动的结论和一批批高质量的研究成果。
有人形容中华大地上的文明遗迹犹如“漫天星斗”，声称21世纪的社会科学将迎来“中国世纪”。如果"文明探源工程"能够取得预期的成果，那么，新世纪最灿烂的星光将真的属于中国科学家们。