丹汗的才干跟他的雄心不能配合，他对内完全采取高压政策，以致引起反感。
二十年代时，嫩江流域的科尔沁部，首先脱离林丹汗的统治，于一六二四年跟后金汗国结盟。
明年（一六二五）林丹汗向科尔沁部进攻，努尔哈赤亲自统率精兵赴救。
林丹汗不敢作战，自行撤退。
这一次虎头蛇尾的军事行动，促使科尔沁部感激后金汗国不止，作更彻底的归附。
三年后（一六二八）西辽河流域的喀喇沁部，不堪压迫，也叛高林丹汗，投降后金。
四年后（一六三二）后金汗国第二任可汗皇太极，跟投降过去的蒙古部落，组织西征联军，对察哈尔部发动总攻，林丹汗大败，向西逃亡。
土默特部和鄂尔多斯部，先后向后金投降。
林丹汗逃到距青海湖尚有十天行程的大草原上病死，他的残部在青海一带仍支持三年。
到一六三五年，终于也向后金屈服。
满洲人把上述的这些被征服的蒙古部落和土地——塞北全境，称为内蒙古。
把漠北还没有合并的喀尔喀部称为外蒙古。
后来满洲人入主中国，这种称谓和区分，一直保留下来。
清政府对蒙古人跟汉人不同，有下列的两大特点：其一取消蒙古固有的部落制度，改为盟旗制度，限制迁移，以便予控制。
盟旗的行政系统，如下表显示：盟旗制度完全仿效满洲人的八旗制度，满族八旗：正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗（镶旗是：黄白蓝三旗镶红边，红旗镶白边）这是努尔哈赤创立的图腾结构，所以满洲人没有地的籍贯，只有旗的籍贯，是一种全民皆兵的新户籍制度，全体满洲人是一个大奴隶集团，被划分为八份，人民受到层层节制，不能离旗独立。
自入关后，原意渐失，演变成为一种单纯的军事制度。
但同类型的蒙占盟旗制度，却一直保存到二十世纪，仍然存在。
盟旗制度的特点就是八旗制度的特点，蒙古人被纳入组织后，局限在一块狭小的地区，不能选择居住地和牧场。
旗跟旗之间也不能有横的来往，连流动于各盟旗间的小贩，都严厉禁止，目的当然是防止他们暗通消息，集结叛变。
“逐水草而居”的时代从此消失，即今遇到荒旱，非清政府批准，不能移动。
其二对蒙古人实行愚民政策，阻止他们接受汉民族文化。
清政府统治蒙古，有两个秘密武器，一是利用喇嘛教，使蒙古人沉湎在宗教里面，不知不觉中丧失战斗精神，这方面的效果是可惊的。
另一是把公主大批的嫁给蒙古酋长——他们本来称可汗，投降满洲人之后，被改封为藩王或公爵，合称为“王公”满洲人的皇姑、皇妹、皇女之流，大多数都嫁给蒙古王公，从没有一个嫁给汉人的。
清政府的政策是，用科举控制汉人，用婚姻控制蒙古人，结果证明完全成功。
公主的儿子自幼随着母亲在外祖父或舅父的皇宫中游戏，长大后自然有一种向心力。
纪元前二世纪大政治家娄敬，向当时的皇帝刘邦建议的和亲政策可收的效果，现在完全应验。
本世纪（十七）九十年代，玄烨大帝在多伦诺尔（内蒙古多伦）用盛大的宴席招待蒙古高阶层时，发现很多蒙古王公都是他的外甥或外孙，又几乎都是在北京皇宫里长大的，不禁大为得意。
但清政府虽赐给这些王公们财富和荣耀，巩固他们对人民的统治尊严，却对他们仍深谋远虑地细心防范，不准他们跟汉人来往，不准学习汉文，不准保管汉文图书，不准请汉人担任教师，不准子弟进入汉人学校，不准看汉人的戏剧。
目的使蒙古人永远愚昧无知。
从此，面积约一百万平方公里的内蒙古，自本世纪（十七）起，也作了满洲人嫁妆的一部分，带到中国，永远成为中国的领土。
十四漠北疆土的开拓——外蒙古比内蒙古还要庞大的外蒙古，在喀尔喀部统治之下，仍独立于瀚海沙漠群之北。
已迁到北京的清政府无意向北发展，他们对拥有内蒙古广大的领土和西伯利亚外兴安岭以南广大的领土，已心满意足。
可是一个意外的事件，却使外蒙古自动地请求跟中国合并。
这个事件起因于以伊犁（新疆伊宁）为首都的准噶尔汗国，于《尼布楚条约》签订的前一年（一六八八）向外蒙古喀尔喀
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